A Diretoria da RSE é nomeada conjuntamente pela CIB (Conferência das Inspetorias das Filhas de Maria Auxiliadora do Brasil) e Cisbrasil (Conferência das Inspetorias dos Salesianos de Dom Bosco do Brasil). Em comunhão com seu Conselho, tem poder ordinário de governo, animação e articulação da RSE. A Diretoria governa e articula, em sentido amplo, em consonância com as orientações das inspetorias salesianas, e, em sentido restrito, de acordo com os interesses das escolas parcerias da RSE. No exercício de suas funções, a Diretoria conta com o apoio de uma Secretaria Executiva.